Odborná knihovna dnešního Muzea J. A. Komenského byla budována současně s uherskobrodskou Musejní společností, tedy od roku 1898. Zpočátku fungovala jako příruční knihovna odborné literatury pro členy Musejní společnosti a její spolupracovníky, posléze se otevírala i širší veřejnosti.
online vyhledávání titulů
Základem knižního fondu byly dary zakládajících členů – knihovna tedy odráží odborné zájmy Jana Kučery, Josefa V. Hauerlanda, F. Pragera, F. Rajchla, A. Hladkého a dalších zakladatelů: archeologie, národopis, historie, filosofie, přírodní vědy a literatura. Literatura těchto oborů byla soustavně doplňována. Další přírůstky přicházely jako dary občanů, někdy byla muzeu prodána nebo předána celá knihovna, např. knižní sbírka právníka a vlastivědce JUDr. Vítězslava Houdka čítala 250 knih právnické a historické literatury, včetně prací moravských historiografů 17. – 18. století (Bohuslav Balbín, Tomáš Pešina, Pavel Stránský, Jan Dubravius, F. J. Beckovský, J. J. Středovský, G. Dobner, M. A. Voigt aj.).
Dnes má knihovna přes 30.000 svazků řazených do tematických okruhů: brodensia a regionální literatura, komeniána, historie, národopis, literatura, náboženství a dějiny církví, slovníky a encyklopedie, technické vědy, právní vědy, zeměpis a mapy, zemědělství, vojenství atd. Zvláštní část tvoří cca 1000 titulů časopisů odborných i zábavných a novin.
V knihovně je uložen archiv regionální dokumentace – plakáty, pozvánky, drobné neknižní tisky a výstřižky. I tento fond je v současnosti převáděn do automatického katalogu.
Další součástí knihovny je soubor pedagogických čtení – tj. autorských prací učitelů z let 1957–1992, které vznikaly jako podmínka jejich kariérního postupu; vedle textů malé věcné ceny najdeme i záznamy bohatých metodických zkušeností a nápadů. Katalog pedagogických čtení existuje zatím jen v podobě lístkové.
Od roku 2002 je z běžného fondu vyčleněna sbírka starých tisků a rukopisů (Historický fond) a od roku 2017 i tisky bibliofilské a umělecká knižní vazba (Umělecký fond). Více viz sbírky.